یکی از مسائلی که شرکت‌های فعال در مناطق ویژه اقتصادی با آن مواجه می‌شوند، مطالبه عوارض از سوی شهرداری است. این درحالی است که باتوجه به ایجاد مناطق اقتصادی و معافیت‌های درنظرگرفته شده برای این مناطق، شمول چنین عوارضی به شرکت‌های فعال در مناطق اقتصادی محل تردید است. لازم به ذکر است که این موضوع بارها در دیوان عدالت اداری مطرح شده و آرای متناقضی نیز در این خصوص از سوی شعب مختلف دیوان صادر شده است. در ادامه به اختصار به دلایلی پرداخته می شود که مطابق آن معافیت‌های موجود برای شرکت‌های فعال در مناطق اقتصادی شامل عوارض شهرداری نیز می‌شود.
- فلسفه ايجاد مناطق ويژه اقتصادي براي تشويق سرمايه‌گذاران داخلي و خارجي به سرمايه‌گذاري، تمركز فعاليت‌ها و ايجاد صنايع و خدمات در يك يا چند شاخه مشخص از صنعت و تجارت در هر منطقه بوده و بر همین اساس فعاليت در اين مناطق از شمول برخي قوانين و مقررات كشوري خارج شده است.
- مطابق قسمت اخير ماده 4 قانون تشكيل مناطق ويژه، اشخاص حقيقي و حقوقي كه در مناطق ويژه به كار توليد کالا و خدمات فعاليت دارند، براي فعاليت در محدوده منطقه از پرداخت «هرگونه عوارض معمول در كشور» معاف مي‌باشند. با توجه به ذكر عبارات «هرگونه عوارض معمول در كشور» مشخص است كه قانونگذار در مقام بيان، ارادۀ آن را داشته است كه فعاليت در اين مناطق مشمول هيچ عوارضي نباشد. بنابراين تمسك به اطلاق ماده و عمل به ظهور اطلاقی لفظ تا زماني كه دليل قطعي بر تقييد آن آورده نشود، داراي وجاهت قانوني و عقلانی است. وانگهي عوارض مورد مطالبه شهرداری‌ها عموماً عناويني است كه پيش از تصويب قانون تشكيل و اداره مناطق ويژه نيز جزو عوارض معمول در كشور بوده و عناوين در زمان تصويب قانون مذكور مصداقي از «عوارض معمول در كشور» بوده‌اند.
- توجه به تفاوت انشا و اصطلاحات مادۀ 4 قانون تشكيل مناطق ويژه اقتصادي با مادۀ 10 قانون چگونه ادارۀ مناطق آزاد تجاري صنعتي مصوب 1372/6/7 در اين خصوص راهگشاست. در قانون اخير، ذكر شده است كه «سازمان هر منطقه مي تواند با تصويب هيأت وزيران در مقابل انجام خدمات شهري…. از اشخاص حقيقي و حقوقي منطقه “عوارض” اخذ نمايد.» و در آيين نامه اخذ عوارض در مناطق آزاد تجاري صنعتي ايران مصوب 1372 نيز عوارض قابل وصول به تفكيك مشخص گرديده است. ليكن در مادۀ 6 آيين‌نامه اجرايي قانون تشكيل مناطق ويژه به “بهاي خدمات” اشاره شده است و همانگونه كه ذكر شد قانونگذار در هنگام تصويب اين قانون و دستگاه اجرايي در زمان تهيه و تصويب آيين نامه اجرايي آن با علم به اين تفاوت، عبارتي را به كار برده‌اند كه صريح در معافيت اشخاص حقيقي و حقوقي فعال در مناطق از هرگونه عوارض معمول در كشور باشد و شرط اين معافيت را اشتغال فعالان اقتصادي مناطق به توليد کالا و ارائه خدمات در داخل مناطق دانسته و در تفسير اجرايي قوانين مرتبط با موضوع نيز رويه چنين بوده است كه فعالان اين مناطق از عوارض معاف بوده و به جاي آن وفق مادۀ 6 آيين‌نامه اجرايي بهاي خدمات را مطابق آيين نامه مصوب هيات وزيران به سازمان متولي هر منطقه پرداخت مي‌كردند.
- مطابق اظهار نظر صريح شماره 115694 / 2508 مورخ 1386/9/06 حوزه معاونت حقوقي و امور مجلس رياست جمهوري، عوارض معمول در كشور موضوع ماده 4 قانون تشكيل و اداره مناطق ويژه به‌طور مطلق مورد حكم قرار گرفته و آن را اعم از ملي و محلي دانسته است. علاوه بر اين، مدير كل امور حقوقي و اسناد و امور مترجمين قوه قضائيه در پاسخ به استعلام‌های قبلي كه از سوي مراجع قضايي شهرستان ماهشهر مطرح شده، طي مكاتبه شماره 1306 7/ مورخ 1387/3/7 به صراحت اعلام نموده است كه اطلاق ماده 4 قانون تشكيل و اداره مناطق ويژه اقتصادي شامل منع شهرداري از اخذ عوارض از اشخاص حقيقي يا حقوقي در ارتباط با كار توليدي و خدماتى آنان نيز در محدوده منطقه مي شود.
- در اظهارنظر رسمي سازمان منطقه ويژه در موضوع مانحن فيه به اين موضوع در مكاتبه رئيس سازمان منطقه ويژه اقتصادي پتروشيمي با معاون رئيس جهور و دبير شوراي عالي مناطق آزاد به تاريخ 1401/5/27 اشاره شده است. سازمان منطقه ويژه در اين اظهارنظر صراحتًا اعلام داشته است كه عوارض مذكور در ماده 4 قانون تشكيل و اداره مناطق ويژه اعم از هرگونه عوارض محلي و كشوري است. طبق ماده 14 قانون تعاريف و ضوابط تقسيمات كشوري «رعايت محدوده كليه واحدهاي تقسيماتي براي تمامي واحدها و سازمانهاي اداري (اجرايي و قضايي) و نهادهاي انقلاب اسلامی كشور الزامی است.»
ناگفته نماند که مخالفان شمول معافیت بر عوارض شهرداری برای شرکت‌های فعال در منطقه معتقدند که صرفاً فعالیت های تولیدی و خدماتي که در جهت تأمین اهداف ایجاد منطقه ویژه اقتصادی صورت مي گیرد، باید از عوارض معمول فعالیت های تولیدی و خدماتي معاف باشد و حال آنکه ، آنچه را که به‌طور کلي شهرداری ها به‌عنوان عوارض ازشهروندان خود دریافت می‌کنند خواه عوارض ملي یا عوارض محلی ، عوارضي است غیر از عوارض معمول فعالیت های تولیدی و خدماتي.
