یکی از مسائلی که شرکت‌های فعال در مناطق ویژه اقتصادی با آن مواجه می‌شوند، مطالبه عوارض از سوی شهرداری است. این درحالی است که باتوجه به ایجاد مناطق اقتصادی و معافیت‌های درنظرگرفته شده برای این مناطق، شمول چنین عوارضی به شرکت‌های فعال در مناطق اقتصادی محل تردید است. لازم به ذکر است که این موضوع بارها در دیوان عدالت اداری مطرح شده و آرای متناقضی نیز در این خصوص از سوی شعب مختلف دیوان صادر شده است. در ادامه به اختصار به دلایلی پرداخته می شود که مطابق آن معافیت‌های موجود برای شرکت‌های فعال در مناطق اقتصادی شامل عوارض شهرداری نیز می‌شود.
- فلسفه ایجاد مناطق ویژه اقتصادی برای تشویق سرمایه‌گذاران داخلی و خارجی به سرمایه‌گذاری، تمرکز فعالیت‌ها و ایجاد صنایع و خدمات در یک یا چند شاخه مشخص از صنعت و تجارت در هر منطقه بوده و بر همین اساس فعالیت در این مناطق از شمول برخی قوانین و مقررات کشوری خارج شده است.
- مطابق قسمت اخیر ماده ۴ قانون تشکیل مناطق ویژه، اشخاص حقیقی و حقوقی که در مناطق ویژه به کار تولید کالا و خدمات فعالیت دارند، برای فعالیت در محدوده منطقه از پرداخت «هرگونه عوارض معمول در کشور» معاف می‌باشند. با توجه به ذکر عبارات «هرگونه عوارض معمول در کشور» مشخص است که قانونگذار در مقام بیان، ارادۀ آن را داشته است که فعالیت در این مناطق مشمول هیچ عوارضی نباشد. بنابراین تمسک به اطلاق ماده و عمل به ظهور اطلاقی لفظ تا زمانی که دلیل قطعی بر تقیید آن آورده نشود، دارای وجاهت قانونی و عقلانی است. وانگهی عوارض مورد مطالبه شهرداری‌ها عموماً عناوینی است که پیش از تصویب قانون تشکیل و اداره مناطق ویژه نیز جزو عوارض معمول در کشور بوده و عناوین در زمان تصویب قانون مذکور مصداقی از «عوارض معمول در کشور» بوده‌اند.
- توجه به تفاوت انشا و اصطلاحات مادۀ ۴ قانون تشکیل مناطق ویژه اقتصادی با مادۀ ۱۰ قانون چگونه ادارۀ مناطق آزاد تجاری صنعتی مصوب ۱۳۷۲/۶/۷ در این خصوص راهگشاست. در قانون اخیر، ذکر شده است که «سازمان هر منطقه می تواند با تصویب هیأت وزیران در مقابل انجام خدمات شهری…. از اشخاص حقیقی و حقوقی منطقه “عوارض” اخذ نماید.» و در آیین نامه اخذ عوارض در مناطق آزاد تجاری صنعتی ایران مصوب ۱۳۷۲ نیز عوارض قابل وصول به تفکیک مشخص گردیده است. لیکن در مادۀ ۶ آیین‌نامه اجرایی قانون تشکیل مناطق ویژه به “بهای خدمات” اشاره شده است و همانگونه که ذکر شد قانونگذار در هنگام تصویب این قانون و دستگاه اجرایی در زمان تهیه و تصویب آیین نامه اجرایی آن با علم به این تفاوت، عبارتی را به کار برده‌اند که صریح در معافیت اشخاص حقیقی و حقوقی فعال در مناطق از هرگونه عوارض معمول در کشور باشد و شرط این معافیت را اشتغال فعالان اقتصادی مناطق به تولید کالا و ارائه خدمات در داخل مناطق دانسته و در تفسیر اجرایی قوانین مرتبط با موضوع نیز رویه چنین بوده است که فعالان این مناطق از عوارض معاف بوده و به جای آن وفق مادۀ ۶ آیین‌نامه اجرایی بهای خدمات را مطابق آیین نامه مصوب هیات وزیران به سازمان متولی هر منطقه پرداخت می‌کردند.
- مطابق اظهار نظر صریح شماره ۱۱۵۶۹۴ / ۲۵۰۸ مورخ ۱۳۸۶/۹/۰۶ حوزه معاونت حقوقی و امور مجلس ریاست جمهوری، عوارض معمول در کشور موضوع ماده ۴ قانون تشکیل و اداره مناطق ویژه به‌طور مطلق مورد حکم قرار گرفته و آن را اعم از ملی و محلی دانسته است. علاوه بر این، مدیر کل امور حقوقی و اسناد و امور مترجمین قوه قضائیه در پاسخ به استعلام‌های قبلی که از سوی مراجع قضایی شهرستان ماهشهر مطرح شده، طی مکاتبه شماره ۱۳۰۶ ۷/ مورخ ۱۳۸۷/۳/۷ به صراحت اعلام نموده است که اطلاق ماده ۴ قانون تشکیل و اداره مناطق ویژه اقتصادی شامل منع شهرداری از اخذ عوارض از اشخاص حقیقی یا حقوقی در ارتباط با کار تولیدی و خدماتى آنان نیز در محدوده منطقه می شود.
- در اظهارنظر رسمی سازمان منطقه ویژه در موضوع مانحن فیه به این موضوع در مکاتبه رئیس سازمان منطقه ویژه اقتصادی پتروشیمی با معاون رئیس جهور و دبیر شورای عالی مناطق آزاد به تاریخ ۱۴۰۱/۵/۲۷ اشاره شده است. سازمان منطقه ویژه در این اظهارنظر صراحتًا اعلام داشته است که عوارض مذکور در ماده ۴ قانون تشکیل و اداره مناطق ویژه اعم از هرگونه عوارض محلی و کشوری است. طبق ماده ۱۴ قانون تعاریف و ضوابط تقسیمات کشوری «رعایت محدوده کلیه واحدهای تقسیماتی برای تمامی واحدها و سازمانهای اداری (اجرایی و قضایی) و نهادهای انقلاب اسلامی کشور الزامی است.»
ناگفته نماند که مخالفان شمول معافیت بر عوارض شهرداری برای شرکت‌های فعال در منطقه معتقدند که صرفاً فعالیت های تولیدی و خدماتی که در جهت تأمین اهداف ایجاد منطقه ویژه اقتصادی صورت می گیرد، باید از عوارض معمول فعالیت های تولیدی و خدماتی معاف باشد و حال آنکه ، آنچه را که به‌طور کلی شهرداری ها به‌عنوان عوارض ازشهروندان خود دریافت می‌کنند خواه عوارض ملی یا عوارض محلی ، عوارضی است غیر از عوارض معمول فعالیت های تولیدی و خدماتی.
