موضوعی که بسیاری از شرکتهای فعال در مناطق اقتصادی گاه به گاه با آن مواجه می‌شوند، ادعای یکی از سازمانها یا شرکتهای دولتی در منطقه علیه آن‌ها مبنی بر لزوم اخذ یکی از مجوزهایی است که در سایر مناطق کشور، این سازمان یا شرکت دولتی متولی صدور آن است.
در این خصوص باید دانست که مطابق با ماده ۷ قانون تشکیل و اداره مناطق ویژه اقتصادی جمهوری اسلامی ایران، «صدور مجوز برای انجام فعالیت‌های اقتصادی، عمرانی، ساختمانی و فرهنگی و آموزش و خدماتی مطابق سیاستها و مقررات دولت و در چارچوب طرح جامع و کالبدی مصوب هر منطقه در اختیار سازمان مسئول آن منطقه می‌باشد.»
برای مثال، متولی و متصدی صدور مجوز در مناطق ویژه اقتصادی برای تأسیس و بهره‌برداری پتروشیمی به تصویب هیئت‌وزیران (تصویبنامه شماره شماره ۶۵۰۴۳/ت۵۳۲۲۰هـ) در حال حاضر سازمان منطقه ویژه اقتصادی انرژی پارس است. بنابراین، در فرضی که به طور مثال شرکت آب منطقه علیه یک شرکت مشغول به فعالیت پتروشیمی در منطقه ویژه شکایتی مطرح کند با این ادعا که شرکت مذکور مجوزهای لازم را برای ساخت کارخانه در مسیل و بستر رودخانه را اخذ نکرده است، در پاسخ باید اذعان داشت که از موضوع دو فرض خارج نیست: اگر سازمان منطقه ویژه صلاحیت اعطای مجوز را داشته است که در اینصورت جایی برای اعتراض شرکت آب منطقه وجود ندارد و اگر سازمان منطقه ویژه به هر طریقی در اعطای مجوز مرتکب نقض قانون شده است، شرکت آب منطقه بابت این اعطای مجوز باید علیه سازمان منطقه ویژه دعوای خود را با سازوکارهای پیش‌بینی‌شده برای حل اختلاف دستگاه های اجرایی طرح کنند نه به طرفیت شرکتی که مجوز از مرجع قانونی به او اعطا شده است.
بی‌اعتبار جلوه دادن امری که دارای اعتبار قانونی است، خود از موجبات هرج و مرج و بی‌نظمی در جامعه خواهد بود. مجوزی که با طی مراحل قانونی از سوی مرجع دارای اعتبار قانونی به نفع اشخاص حقیقی و حقوقی صادر می‌شود، موجد حق مکتسبه برای این افراد بوده و هر نوع خدشه‌ای به اعتبار آن خلاف اصل حاکمیت قانون و بدون هرگونه توجیهی خواهد بود.
هم‌چنین، به صراحت تبصره ماده ۷ آیین‌‌نامه اجرایی قانون تشکیل و اداره مناطق ویژه اقتصادی جمهوری اسلامی ایران مصوب ۱۳۸۵,۰۳,۰۱ با اصلاحات و الحاقات بعدی، سازمان مسئول منطقه موظف است هنگام صدور مجوز فعالیت، سیاستها و مقررات دولتی را رعایت و اعمال کند.
تبصره ـ در صورت عدم انطباق مجوزهای صادر شده توسط سازمان با سیاستها و مقررات دولتی، مسئولیت جبران خسارتهای احتمالی به اشخاص حقیقی و حقوقی برعهده سازمان خواهد بود.
بنابراین همانطور که در بالا به آن اشاره شد، هر نوع ادعا یا اختلاف در این خصوص باید به طرفیت سازمان مسئول منطقه مطرح شود و طرح این شکایت مطابقتی با قانون ندارد و اگر صدور این مجوز خلاف سایر مقررات بوده و یا قوانین با هم تعارض و تضاد دارند، مسئولیت آن با سازمان مجوز دهنده است.
